Auf institutioneller Ebene wird die Zusammenarbeit insbesondere durch die folgenden Instanzen gesteuert:
Ausschuss der Säule « Politik » der Trinationalen Metropolregion Oberrhein
Der Ausschuss der Säule Politik der Trinationalen Metropolregion Oberrhein führt die wichtigen Entscheidungsträger des Oberrheins (Elsaß, Baden, Südpfalz und Kantone der Nordwestschweiz) zusammen, mit dem Ziel einer transparenten Arbeitsteilung zwischen den Strukturen und Gremien sowie einer abgestimmten Kommunikation. Vertreten sind die vier Instanzen der institutionellen Zusammenarbeit, das heißt die Oberrheinkonferenz, den Oberrheinrat, die vier Eurodistrikte und das Städtenetz.