Sur le plan institutionnel, la coopération est pilotée par différentes instances :
Pilier Comité Politique de la Région Métropolitaine Trinationale du Rhin Supérieur
Le Pilier Politique de la RMT associe les grands décideurs du Rhin Supérieur (Alsace, Pays de Bade, Palatinat du Sud et Cantons du Nord Ouest de la Suisse). Il a pour objectif de simplifier le paysage institutionnel en matière de coopération transfrontalière tout en promouvant un rapprochement étroit entre structures existantes. Ce Pilier est composé des représentants politiques des quatre instances de coopération institutionnelle : la Conférence du Rhin Supérieur, le Conseil Rhénan, les quatre Eurodistricts, et le Réseau des Villes.